Description

Microbiologie

Cours :

Présentation de la microbiologie

Morphologie et structure des bactéries

Nutrition et croissance bactérienne

Les agents antimicrobiens

Prélèvement, transport et préparation des échantillons en vue d’analyses microbiologiques

Les méthodes rapides de dénombrement des microorganismes

Les méthodes d’identification des microorganismes

TP :

Présentation du poste de travail en microbiologie et des consignes de sécurité – Préparation de milieux de culture – Observation et description de cultures bactériennes en milieu liquide - Etats frais et coloration de Gram – Isolements par épuisement.

Etats frais et coloration de Gram – Isolements par épuisement – Tests d’ambiance – Test de sporulation – Analyses microbiologiques sur l’eau de mer

Identification d’une souche bactérienne par tests biochimiques (test O/F ; recherche de la catalase ; recherche de la cytochrome oxydase ; galerie API 20 E) – Antibiogramme - Analyses microbiologiques sur des algues prélevées sur l’estran.

Outils moléculaires

Cours

Introduction et présentation des outils moléculaires

Extraction des ADN et ARN

Etude du GC%

Principe de la PCR

La PCR point final

La qPCR ou PCR temps réel

La PCR-RFLP : Etude du profil de restriction

Le séquençage

Le metabarcoding

Les sondes nucléotidiques ou sondes nucléiques

L’hybridation

La transcriptomique

TP :

Extraction d’ADN génomique à partir d’une culture bactérienne pure.

Amplification de la région V1-V3 de l’ADNr 16S par PCR point final.

Migration d’amplicons sur gel d’agarose et détermination de la taille des amplicons.

Utilisation de la qPCR pour quantifier l’ADN bactérien dans un extrait d’ADN issu d’un échantillon environnemental.

Bases de génétiques

Structure de l’ADN

La réplication de l’ADN

Information génique et non génique

Vers la synthèse des protéines

Les mutations

Finalité

Microbiologie

Connaitre les caractéristiques morpho-anatomiques des bactéries

Comprendre le fonctionnement des agents antimicrobiens

Connaitre le processus des analyses microbiologiques (prélèvement, transport et analyse)

Savoir identifier et dénombrer rapidement des microorganismes

Outils moléculaires

Connaitre le principe des différents outils moléculaires (PCR, qPCR, PCR-RLFP,…)

Bases de génétiques

Connaitre la structuration de l’information génétique

Comprendre les mécanismes de réplication et réparation de l’ADN et de l’ARN

Comprendre les mécanismes de synthèses de protéines

Description des modalités d'évaluation

Examens théoriques ; TP/TD notés

Prérequis

Accessible aux étudiants ayant validé 60 ECTS dans une formation scientifique supérieure et ayant de bonnes connaissances en biologie cellulaire, biochimie